Marknadsnyheter

Upptäckten av ett metodfel kan förbättra epigenetisk forskning

Published

6 år ago

27 juni, 2018

Tanalys

on, jun 27, 2018 08:42 CET

En svaghet i en av de mest använda metoderna inom forskning om epigenetik, DIP-seq, kan leda till missvisande resultat, visar forskare vid Linköpings universitet. Upptäckten kan få stor betydelse för forskningsfältet, där ”big data” och avancerade DNA-analysmetoder används för att studera mycket stora mängder epigenetisk information. Felet går att korrigera i efterhand, vilket kan leda till nya upptäckter från redan gjorda studier om människans epigenetik. Fynden publiceras i tidskriften Nature Methods.

I grunden har varje cell i kroppen samma DNA-sekvens i arvsmassan. Men olika celltyper använder olika grupper av gener. Därför behövs ytterligare signaler som talar om vilka gener som ska användas i varje typ av cell. Signalerna består av olika kemiska grupper som placeras på DNA-sekvensen, liknande flaggor. Dessa kemiska modifieringar av DNA bildar en del av det som brukar kallas den ’epigenetiska koden’. Epigenetiska skillnader mellan individer har betydelse vid kroppens normala utveckling, men det har även visat sig ha betydelse vid många sjukdomar, exempelvis cancer.

I den aktuella studien har forskarna upptäckt en brist i en av de vanligaste metoderna som används inom epigenetisk forskning, DNA-immunoprecipitationssekvensering (DIP-seq). Metoden går ut på att plocka ut de delar av DNA som bär en specifik epigenetisk flagga. Till detta använder man olika antikroppar, som känner igen och binder just den specifika kemiska strukturen. Därefter sorteras antikropparna ut, och DNA-sekvenserna som de har bundit till läses av, eller sekvenseras. LiU-forskarna upptäckte att vissa epigenetiska markörer alltid dök upp på samma ställe, även på DNA som inte borde ha de epigenetiska flaggorna.

– Vår upptäckt belyser hur viktigt det är att validera metoder i forskning där teknik med hög kapacitet används. Utan sådan noggrannhet i experimenten kan utbredda fel gömma sig i data, dolda på grund av att de upprepas i många studier, säger Colm Nestor, biträdande lektor vid Institutionen för klinisk och experimentell medicin, Linköpings universitet.

Genom att analysera mer än 125 befintliga dataset avslöjade Nestors forskargrupp att DIP-seq fångade in DNA-sekvenser som inte hade några epigenetiska markörer. Dessa falskt positiva signaler, som enligt studien utgör 50–90 procent av de bundna DNA-regionerna, påverkade vissa dataset mer än andra.

– Nu när vi känner till att det här felet uppstår, är det väldigt enkelt att åtgärda. Dessutom, genom att korrigera för felet blir det möjligt att göra nya upptäckter från den stora mängd epigenetiska data som redan finns tillgänglig, säger Colm Nestor.

Den stora merparten av resultat från befintliga studier är dock fortfarande korrekta, menar forskarna.

– Vi ska fortsätta att använda de här metoderna, men korrigera för felen genom att designa experimenten på lämpligt sätt, säger Colm Nestor.

Studien har gjorts i samarbete med forskare vid the MRC Human Genetics Unit vid Institute of Genetics and Molecular Medicine, University of Edinburgh, Storbritannien. Forskningen har finansierats med stöd av Vetenskapsrådet, Cancerfonden och the Medical Research Council i Storbritannien.

För mer information, kontakta gärna:

Colm Nestor, biträdande lektor, colm.nestor@liu.se, 013-28 26 54

Artikel: “A reassessment of DNA immunoprecipitation-based genomic profiling”, Antonio Lentini, Cathrine Lagerwall, Svante Vikingsson, Heidi K. Mjoseng, Karolos Douvlataniotis, Hartmut Vogt, Henrik Green, Richard R. Meehan, Mikael Benson och Colm E. Nestor, Nature Methods, publicerad online 25 juni 2018, doi: 10.1038/s41592-018-0038-7

Pressmeddelandet skickat av:
Karin Söderlund Leifler
Vetenskapsredaktör, Linköpings universitet
www.liu.se
013-281395 eller 073-4170159
karin.soderlund.leifler@liu.se

Vill du ha mer nyheter från Linköpings universitet? Vårt elektroniska nyhetsbrev LiU-nytt-e kommer varje torsdag med alla nyhetsartiklar som publicerats på webben under den gångna veckan. Prenumerera här!

Taggar:

Marknadsnyheter

Logistri Fastighets AB förvärvar två fastigheter i Göteborg

Published

56 minuter ago

1 november, 2024

Tanalys

Logistri Fastighets AB (publ) (”Logistri”) har idag tillträtt två fastigheter i Göteborg. Affären är strukturerad som en ”sale and leasback” där säljaren tecknar ett långsiktigt hyresavtal i samband med försäljningen. Fastigheterna har ett sammanlagt fastighetsvärde om 73 mkr och den genomsnittliga hyrestiden (WAULT) överstiger 8 år.

Fastigheterna Härryda Solsten 1:135 och Härryda Solsten 1:136 är belägna i Mölnlycke företagspark i nära anslutning till de fastigheter som Logistri äger sedan tidigare i området. Fastigheterna omfattar 3 721 m2 uthyrbar area och är fullt uthyrda till tre hyresgäster.

Största hyresgäst är Midbec som har, i samband med transaktionen, tecknat ett långsiktigt hyresavtal.

”Vi fortsätter att växa i Göteborg och är mycket nöjda med att ha tillträtt dessa två lager- och lättindustrifastigheter. Vi hälsar hyresgästerna välkomna och ser fram emot ett långsiktigt samarbete. Logistri är fortsatt fokuserade på att växa fastighetsportföljen och ser fram emot fler tillträden innan årsskiftet.” kommenterar David Träff, VD för Logistri.

För ytterligare information, vänligen kontakta:

David Träff, Verkställande direktör

Logistri fastighets AB (publ)

Telefon: + 46 (0) 70 089 04 66

David.traff@logistri.se

Om Logistri Fastighets AB

Logistri Fastighets AB (publ) är ett fastighetsbolag som investerar i kommersiella fastigheter främst inom segmenten lätt industri, lager och logistik. Visionen är att vara en stabil och långsiktig partner till företag som efterfrågar verksamhetsanpassade och hållbara lokaler. Bolagets övergripande målsättning är att med högt kundförtroende generera ett stabilt kassaflöde och en hög riskjusterad avkastning. Våra hyresgäster är verksamma inom olika branscher där flertalet är svenska och internationella industri- och verkstadsbolag. Fastigheterna ligger i Stockholm, Göteborg samt i södra och mellersta Sverige, i nära anslutning till strategisk infrastruktur som större vägar, järnväg och hamnar. Bolaget har huvudkontor i Stockholm. Bolagets aktie noterades på Spotlight Stock Market 2017. Logistri ingår i MSCI Global Micro Cap index.

För mer information gällande Logistri Fastighets AB, vänligen besök www.logistri.se.

Marknadsnyheter

Market Notice 222/24 – Dicot Pharma AB will be delisted after close of the market on November 6, 2024

Published

1 timme ago

1 november, 2024

Tanalys

Dicot Pharma AB will be delisted from Spotlight after close of the market on November 6, 2024. For more information, see press release from the company October 23, 2024.

Information about the share:
Shortname: DICOT
ISIN-code: SE0011178458
Orderbook-ID: 303184
CFI: ESVUFR
FISN: DICOT/SH
Organization number: 559006-3490
LEI: 549300GX132RSE4OV407

Information about the subscription option:
Shortname: DICOT TO 6
ISIN-code: SE0022600300
Orderbook-ID: 355906
CFI: RSSXXR
FISN: DICOT/OPT RTS 20250331

Stockholm November 1, 2024

Spotlight Stock Market
08-511 68 000
backoffice@spotlightstockmarket.com

Marknadsnyheter

MEDIAINBJUDAN – BIO-Europe®, Europas största partneringkonferens för den globala läkemedels- och bioteknikindustrin kommer till Älvsjömässan i Stockholm, 4–6 november 2024

Published

2 timmar ago

1 november, 2024

Tanalys

Över 5 600 delegater

*Måndag, klockan 10.00-10.30

** Måndag, klockan 10.30-11.00

Länkar: BIO-Europe® och Business Sweden

Anmälan till kostnadsfri pressregistrering: ansökningsformuläret för press.

Den 30:e upplagan av BIO-Europe kommer att äga rum den 4–6 november 2024 i Stockholm. Life science-branschens betydelse för det svenska näringslivet påvisas bland annat av att Ebba Busch, Sveriges energi- och näringsminister, samt Karin Wanngård, Stockholms finansborgarråd, deltar på konferensens öppningsanförande den 4 november kl 10.00.

Business Sweden och SwedenBIO arrangerar en svensk paviljong under konferensen där svensk innovation inom life science och inhemska bolag lyfts fram. Programmet för aktiviteterna i paviljongen finns tillgänligt här.

BIO-Europe är det främsta partnerevenemanget inom bioteknik och läkemedel. Konferensen, som firar sitt 30-årsjubileum i år, har vuxit med branschen, kontinuerligt förnyat sig och förblir navet för effektiva samtal och kontakter. Efter ett rekordartat 2023 lovar 2024 års evenemang ännu större möjligheter till nätverkande och partnerskap.

Mer än 5 600 delegater förväntas samlas i Stockholm för att delta i över 30 000 ett-till-ett-möten som driver life science-branschen till nya nivåer. Årets program, som fokuserar på 30 år av banbrytande partnerskap och innovation inom life science, är inspirerat av den svenska strategin: öppenheten för innovationfrämjande samarbeten inom life science. Dyk ner i den rika historien om tidigare partnerskap, affärer och innovationer under de senaste tre decennierna, och föreställ dig de kommande 30 åren då branschen formar biovetenskapens framtid tillsammans!

På agendan kommer också att finnas talare från ledande läkemedelsföretag som AstraZeneca, Eli Lilly, GSK, MSD och Novartis, som alla ligger i framkant när det gäller läkemedelsinnovation.

Anmälan och information om evenemanget finns på nätet.

DETALJER OM EVENEMANGET:

BIO-Europe produceras av EBD Group, det ledande partneringföretaget för den globala life science-industrin, i samarbete med Biotechnology Innovation Organization (BIO).

Besök: https://informaconnect.com/bioeurope/

Följ: @EBDGroup #BIOEurope

Kontaktpersoner för media:

Alexandra Högberg, RHA Communications

Alexandra@rhacomms.eu

Ola Björkman, RHA Communications

ola@rhacomms.eu